Основными задачами отдела организации лесопользования являются организация и проведение в установленном порядке аукционов по продаже права на заключение договоров аренды лесных участков, регулирование отношений, возникающих в связи с предоставлением гражданам права заготовки древесины для возведения строений, отопления и иных собственных нужд, не связанных с предпринимательской деятельностью.

Специалисты отдела организовывают и проводят лесные аукционы, подготавливают материалы для выставления лесных участков на аукционах, разрабатывают проекты договоров аренды лесных участков и пересматривают ранее заключенные договора аренды (организация выяснений изменений, приведение договоров в соответствие с ЛК РФ), принимают лесные декларации, организовывают работы по размещению заказов на межевание лесных участков и постановки их на государственный кадастровый учет.  

С внесением изменений в Лесной кодекс РФ (№32-ФЗ от 14.03.2009), запрещающих осуществлять заготовку древесины на основании договоров купли-продажи лесных насаждений, в Томской области произошло увеличение числа арендаторов лесных участков. В 2009 году было заключено 127 договоров аренды с целью заготовки древесины. Аукционная цена одного обезличенного кубометра леса приблизилась к 33 рублям. По состоянию на 1 января 2010 года арендовано 3419,6  тыс. га лесного фонда с расчетной лесосекой 6735,6 тыс. м³.  За 2009 год арендаторами заготовлено 1336,1 тыс. м³  древесины, что составляет 19,8  процентов от всего объема заготовки.